五行学说是奇门遁甲的重要根本观念。水、木、火、土、金是构成宇宙的五种基本物质，自然界和人类社会的各种事物和现象都可以依其性质与这五种物质相比拟而进行归类。这五种各具特性的物质不断运动和互相作用，便形成了宇宙间万物生长与消亡的规律和原因，这是朴素唯物主义的观念。

 阴阳五行既是自然的构成元素，而道家以研究自然为目的，于是把五行阴阳支配在一切物质上；先论人体的五行——阴阳家认为人是万物之灵，也是大自然的杰作，人与大自然息息相关。

 例如：人有毛发，自然有草木；人有双目，自然有日月；呼吸为风，挥泪成雨；骨为山，血脉为河流等，谓之天人合一，汉初诸儒盛宗之，道教采其说，合阴阳、儒术以为炼丹炼气的根据，当时中医皆先习儒术，旁及阴阳五行，而研究阴阳五行之学以道教为最精。

 故中医学说亦以阴阳五行为主，著书立说皆道教言，于是学中医者皆知：五脏属阴，肝属木，肾属水，肺属金，心属火，脾属土。六腑属阳，肝以胆为腑，肾以膀胱为腑，肺以大肠为腑，心以小肠为腑，脾以胃为腑，脏腑相连，有病互相。

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